O programa destina-se a ser executado como instâncias únicas.
No desenvolvimento do Windows, chama-se "Global Mutex". Eu não sei como você pode contornar isso. E mesmo se você puder, é uma má ideia. Como o programa foi desenvolvido com uma única instância em mente, e ignorando isso, você ficaria com um comportamento imprevisível do software.
IMHO, você deve instalar um servidor VNC no host remoto, e compartilhar a instância, todo mundo vai acessar a mesma instância de desktop, permitindo, em seguida, usar o software ao mesmo tempo. Sim! Ao mesmo tempo, significa que as pessoas começarão a lutar para mover o mouse.
Editar:
Com algumas pesquisas, encontrei esta solução para o Lync . Talvez seja trabalho para você. Ele usa uma opção "IsolatedSynchronizationObjects" para o ThinApp, que garantirá que um "mutex global" seja isolado. No mesmo link, é mostrado como você pode detectar se o aplicativo está usando um mutex global ou não com o Processo Explorador .