Isso pode ser feito. Em vez de criar uma entrada CustomLog em cada seção do VirtualHost, use SetEnvIfNoCase na configuração global link para definir uma variável se o domínio corresponder e, em seguida, registrar essa variável em um arquivo.
por exemplo,
SetEnvIfNoCase Host website-a.com weba
SetEnvIfNoCase Host website-b.com webb
SetEnvIfNoCase Host website-c.com webc
CustomLog /var/log/httpd/website-a.com.access_log combined env=weba
e assim por diante. Naturalmente, você terá que considerar as variações de seus nomes de domínios, possivelmente usando regex, se necessário, caso precise ser mais específico sobre subdomínios.
[edit] Você pode precisar escapar do ponto no nome do domínio.