Como recomendado há algum tempo no Stack Overflow, você gosta de usar um proxy reverso na frente de suas duas "instâncias" do seu site:
Como você só altera as configurações no site público, suas duas instâncias permanecem inalteradas e, portanto, não recarregam o AppDomain. Você pode querer fazer o check-out do nginx ou do Apache httpd para esse tipo de tratamento.
Atenciosamente, JoKi