Você pode criar outra regra do OSSEC que seja disparada em resposta a 550. Digamos que o seu logrotate passa por logs todas as terças-feiras à meia-noite. De acordo com a sintaxe das regras do OSSEC , você pode especificar as tags "time" e "weekday" para whitelist logrotate. Então, se essa regra for acionada naquele dia e horário, desativamos o envio de e-mails e o rebaixamos para dizer, nível 2.
Naturalmente, isso pressupõe que a rotação do log seja o programa que está realmente se movimentando. Você pode expandir isso ainda mais para personalizar o relatório. Por exemplo, escalonamento para o nível 14 se a regra da lista de desbloqueio for acionada mais de uma vez no período de tempo de 10 minutos (o que está fazendo logrotate?).