Eu uso o Runasspc da Robotronic.de. Com ele você pode criar um arquivo de script criptografado e executá-lo na linha de comando.
Infelizmente, o site oficial ( link ) não está funcionando corretamente no momento, então você não pode baixá-lo de lá. No entanto eu encontrei o runasspcen.zip (contém os executáveis e instruções) a partir daqui: link