Encontrei duas discussões sobre esse assunto:
A conclusão em ambos é que ambas as variantes são válidas e que é melhor depende do seu uso. Parece que o nosso uso mudou de "apenas alguns usuários LDAP no sistema que são todos iguais" para "Muitos usuários LDAP no sistema que também precisam esconder arquivos uns dos outros". Portanto, acho que temos que mudar nossa estrutura de LDAP.