Talvez de alguma forma a pasta tenha sido renomeada. Tente renomear a pasta e ver.
Aqui está o que eu fiz, apenas para reproduzir o problema. Eu cliquei com o botão direito na pasta de documentos e renomei-o como /home/xxxx/Downloads
.
Então, cat .config/user-dirs.dirs
a saída está abaixo:
Em seguida, renomei a pasta de volta para Documentos e fiz cat .config/user-dirs.dirs
, e tudo voltou como estava.