Para responder: "como trabalhar nessa questão", a resposta é usar o comando ps:
ps -eaf | grep nginx
Isso mostra que depois de emitir uma parada ou recarregar, que um ou mais processos de trabalho do nginx ficam presos para sempre em "o processo está sendo encerrado"
Como resultado, o nginx nunca sai, e toda a situação é interrompida até que você mate o pid ou a questão nginx -s stop (que basicamente mata o pid, mas é mais fácil porque você não precisa fazer uma pesquisa pid) .
Parece ter algo a ver com o módulo de verificação do upstream ou quando usado para soquetes da web.
O problema mais específico foi publicado aqui: nginx 1.7.9: Sockets Web do Proxy Reverso: trava na reinicialização do serviço / parada de serviço, nunca sai