Eu sempre tive esse mesmo problema com o Tomboy, mas diminuir o comportamento Foco e Aumentar no CompizConfig o corrige. Primeiro instale o compizconfig-settings-manager:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Execute com:
ccsm
Em seguida, navegue para Geral / Foco & amp; Levantar o comportamento.
Por padrão, o Nível de Prevenção do Foco está definido como Baixo e o Tomboy sempre se abre atrás de outras janelas. Se eu mudar isso, o Tomboy se abre na frente de outras janelas.
Isso pode ter outras ramificações (outras janelas podem começar a roubar o foco, etc). Você pode definir exceções neste mesmo painel de configurações.
Agradecemos a esta resposta que eu usei originalmente para resolver isso.