!
não pode ser usado em caminhos. No entanto, você pode usar a função label()
para selecionar esse nó:
augtool> print /files/etc/mysql/my.cnf/*[label()="!includedir"]
/files/etc/mysql/my.cnf/!includedir = "/etc/mysql/conf.d/"
As expressões de caminho estão documentadas no wiki do Augeas.