Suponho que sua máquina seja uma VM?
Depois, você poderá ver esses picos devido aos recursos do hardware em que sua máquina está sendo executada.
Eu acho que é um tipo de pico syswait ou iowait, onde sua máquina precisa esperar que o host de virtualização conclua sua (s) tarefa (s). Nesse caso, você não verá nada no htop / onop / ... já que sua máquina não está fazendo nada.
Como isso está acontecendo regularmente, eu sugeriria algum tipo de cron-job que esteja fazendo muito IO no host onde sua máquina está rodando.
Talvez você instale / use em cima, que também registra estatísticas do sistema para análise posterior. Boa sorte.