Eu encontrei o problema.
Lendo alguns dos bugs e problemas
pam_tally2 precisa ser especificado para auth e conta . Isso redefinirá seu contador quando o login for bem-sucedido.
Alterá-lo para o seguinte corrigiu o problema
auth required pam_tally2.so deny=6 onerr=fail
account required pam_tally2.so
O motivo principal foi que o SCOM estava tentando diferentes métodos de autenticação. Enquanto alguns falharam um foi bem sucedido. O problema era que o contador nunca se reiniciava.