Se eu entendi o formato corretamente, este comando deve dar o resultado desejado:
comm -23 <(cat md5.csv | tr A-F a-f | sort) <(cat NSRLFile.txt | cut -f2 -d, | tr -d '"' | tr A-F a-f | sort)
Isso resultará em hashes que estão no primeiro arquivo, mas não no segundo arquivo. O -2 para o comando comm irá ignorar as linhas que estão apenas no segundo arquivo e -3 irá ignorar essas linhas, que estão apenas no primeiro arquivo.
cat md5.csv | tr A-F a-f | sort converterá todos os hashes em minúsculas e os classificará.
cat NSRLFile.txt | cut -f2 -d, | tr -d '"' | tr A-F a-f | sort terá a segunda coluna do arquivo separada por , , em seguida, removerá todos os caracteres " , converterá todos os hashes em minúsculas e os classificará.