Eu estava tendo um problema com o PHP-FPM e o mysql. Quando eu precisava processar um arquivo de entrada que gerasse vários selects / inserts / updates para cada linha, ele pararia após aproximadamente 60s com a mensagem Lost connection to the server ou Mysql server has gone away . As consultas eram simples, basta atualizar alguns campos, sem BLOBs, menos de 1KB cada.
Desativar o PHP-FPM para MOD_PHP resolveu o problema - mas não era um problema de configuração ini, porque ambos compartilhavam o mesmo arquivo ini.
Verificou-se que request_slowlog_timeout foi sugerido por esta questão . Não faz sentido porque não deve terminar ou interferir com a execução do script, como eu entendo
Minha pergunta é, é um bug no PHP-FPM ou é só porque eu estou perdendo alguma coisa?
Server Config:
Percona Mysql 5.5.19, Apache/2.2.23 (Unix) mod_ssl/2.2.23 OpenSSL/1.0.0-fips Domain Server mod_fastcgi/2.4.6 mod_perl/2.0.5 Perl/v5.10.1, PHP 5.3.24