No final, Steve estava certo.
O problema é que eu tinha a pasta de arquivo primeiro na lista de diretórios de dados. Quando surgiu uma consulta com um intervalo de tempo que fazia a ligação da transição, o webapp recebeu uma resposta da pasta de arquivos e parou de procurar mais.
A correção, no entanto, não foi como Steve explica. Em vez disso, tive que misturar os dados antigos nos novos arquivos. Desde que eu tenho 4 armazenamentos de cache de carbono e uma replicação de 2, isso era mais complicado do que o habitual.
Acabei criando um script bash rápido para mesclar recursivamente os dados em seus equivalentes mais recentes. Aqui está um trecho no caso de poder ajudar alguém:
for l in $(find /whisper-archive -type f -name '*.wsp'); do
for c in {1..4}; do
echo -n "carbon$c: Checking whisper file: $l..."; #debug output
# I made a tmp file with the list of whisper files in each carbon instance
# for quick searching and handy list for validation
grep $l ./carbon$c.files.txt >/dev/null \
&& sudo /usr/local/bin/whisper-merge.py \
/whisper-archive/$l /carbon$c/whisper/$l;
echo 'done'; # debug output
done;
done;