O rsync por si só não sufoca em arquivos grandes ou "muitos" arquivos. Dependendo da sua situação, pode ser (mas é improvável) que o trabalho de rsync a cada semana esteja demorando mais de 1 semana para ser concluído, fazendo com que um novo trabalho de rsync comece antes que o trabalho de rsync anterior seja concluído.
É de conhecimento geral que o pessoal de TI que transfere toneladas de pequenos arquivos leva muito mais tempo do que transferir alguns arquivos muito grandes com todo o resto igual (mesma velocidade da Internet, mesmo quantidade de dados, etc ... Dê uma olhada nisso (" Transferindo milhões de imagens ") como um exemplo de discussão sobre o Stack Overflow, bem como este (" O que é mais rápido, e por que: transferir vários arquivos pequenos ou poucos arquivos grandes? ") como um exemplo de discussão aqui no Serverfault.
Assim, o problema pode ser que você deve compactar os arquivos / pastas antes de executar o rsync e, em seguida, copiar o arquivo compactado para o data center externo. Isso pouparia você em custos de armazenamento de dados fora do site mesmo assim, apesar de abrir outra lata de worms.
O seu primeiro passo seria, obviamente, descobrir quanto tempo demora a execução do trabalho de rsync. Em seguida, descubra se você precisa alterar sua metodologia de backup comprimindo os dados previamente ou migrando para uma solução alternativa de backup.
A propósito, a partir desta postagem, o Synology DSM 5.1 é a versão mais recente e o 5.2 está em versão beta. Você deve atualizar para o DSM 5.1, se ainda não tiver feito isso. Isso certamente não prejudicaria sua situação.