Sim, isso pode ser prejudicial em ambos os casos, seja inicializando o Windows com o Ubuntu hibernando ou inicializando o Ubuntu com o Windows hibernado. O Ubuntu não é capaz de montar partições do Windows quando o Windows está em hibernação, se você forçar a montagem de partições do Windows, isso pode causar danos.
verifique estes links para mais informações.
Não é possível montar o sistema de arquivos do Windows (NTFS) devido à hibernação