Não há problema em incluir esses diretórios em um backup, contanto que o usuário possa ler os arquivos (os usuários podem, com frequência, mas nem sempre, ler arquivos de propriedade da raiz).
Mas se o usuário não conseguir ler os arquivos, recomendo que você execute a duplicidade diretamente pelo cron. O Deja Dup foi projetado para usuários, não para administradores de sistema.