Este é o único aviso de rkhunter que você recebeu? Você já correu rkhunter por um tempo sem esse problema e apenas começou? Você atualizou o chkconfig recentemente? Verifique seu /var/log/yum.log para ver se o chkconfig foi atualizado pelo yum. O arquivo definitivamente mudou, mas rkhunter está preocupado, então você terá que determinar se foi uma mudança legítima através de uma atualização esperada, ou se foi nefasta.