O problema é que o bloco de localização com a configuração fastcgi para o PHP. Quando o SVN vai para commit, ele faz um PUT para um URI que termina no nome do arquivo para o arquivo, por exemplo,
PUT /svn-test-work/repositories/authz_tests-7/!svn/txr/1-1/A/D/G/rho
Onde o caminho dentro do repositório é /A/D/G/rho
.
O motivo pelo qual você não está vendo um problema com a atualização e o check-out é que provavelmente você está usando um cliente ou servidor que ainda está usando atualizações em massa. As atualizações em massa significam, em vez de fazer uma solicitação HTTP GET para o arquivo, todo o conteúdo incluído em uma solicitação REPORT. Os clientes mais novos farão uma solicitação GET e também verão problemas com check-out e atualização.
Eu acho que a configuração do fastcgi do php é para algum tipo de UI baseada na web para o seu servidor SVN. Você precisa colocar isso em um URL único e não no mesmo URL dos seus repositórios.