Verifique se o usuário realmente tem um diretório inicial válido, que existe e é acessível por esse usuário.
Eu pesquisei no Google e todos que têm este problema têm um erro ao bloquear /home/user/.Xauthority. A questão é que ele está tentando bloquear a autoridade /.Xauthority. Obviamente, não há autoridade de X em /, e mesmo se houvesse, não seria acessível a um usuário. Esse problema está ocorrendo apenas com um usuário, todos os outros usuários funcionam bem. O que devo verificar? Veja o que acontece:
[root@box dir]# ssh USER@HOST
USER@HOSTS's password:
Last login: Thu Jul 25 10:09:19 2013 from OTHER_HOST
(30 sec later)
/usr/bin/xauth: timeout in locking authority file /.Xauthority
Verifique se o usuário realmente tem um diretório inicial válido, que existe e é acessível por esse usuário.