Após alguns dias de pesquisa, descobri que o problema foi causado por uma incompatibilidade de versão do MySQL. Nós criamos recentemente os novos nós da API e instalamos a última versão do MySQL (5.6.11-ndb-7.3.2).
Os resultados descritos na pergunta original ocorreram ao tentar deletar a tabela (armazenada nos nodos do NDB rodando o MySQL 5.5.27-ndb-7.2.8) de um desses novos servidores.
A tabela pode ser excluída sem problemas de um host mais antigo, também executando o MySQL 5.5.27-ndb-7.2.8. Depois de fazer o downgrade dos novos nós da API para o MySQL 5.5.31-ndb-7.2.13, esses hosts não causaram mais problemas.
Espero que esta resposta possa ajudar alguém no futuro.