Com relação à lentidão do snapshot do LVM, se você estiver fazendo muitas gravações distribuídas aleatoriamente em um grande número de arquivos, o que seria se estivesse inserindo / udando documentos em um grande conjunto de dados do MongoDB, então o LVM pode realmente lutar para manter-se. Um reparo / compact no banco de dados (ou um ressincronização do node do zero) pode ajudar em termos do número de arquivos alterados (o compact "desfragmentará" os dados nos arquivos, o repair / resync irá reescrever os dados a partir do zero), mas isso pode ser apenas uma melhoria incremental.
Em termos de sua solução proposta, parece uma boa, mas eu aconselho você a fazer o nó que você está fazendo backup de um nó oculto , então você pode eliminar a preocupação com o driver e definir as alterações. Os drivers usam o comando isMaster para determinar o layout de um conjunto e, quando um nó está oculto, não é retornado por esse comando.
Você pode desligar o nó, fazer o seu instantâneo e reiniciar uma vez para permitir que ele seja sincronizado novamente.