Eu parecia ter tropeçado na resposta acidentalmente. Eu estava procurando na pasta diferente em / etc / apache2 / e encontrei vi um diretório chamado usuários. Havia um arquivo .conf com meu nome de usuário. Lá, ele tinha apenas um que tinha AllowOverride definido como None. Este arquivo conf deve estar substituindo o vhost. Eu configurei para todos e parece funcionar bem agora.