Encontrado o mesmo problema do Windows não pôde se conectar ao cliente Linux remoto com chave SSH. Mesmo o Auto Login com o Pageant sendo executado diretamente do PuTTY ou executando o Pageant X2GO incluído não usaria minha chave ssh formatada com Windows PPK. Eu tive que usar minha chave ssh estilo formatado linux. Uma vez que usei isso na configuração do cliente X2GO, consegui conectar-me com sucesso ao meu cliente linux novamente, usando o túnel ssh mais seguro em vez da autenticação por senha.
Transforme o SSH formatado em PuTTY em SSH formatado em Linux:
Copie seu PPK para sua máquina linux Execute os seguintes comandos e copie esse arquivo de saída de volta para sua caixa do Windows
chmod 400 ppkfile
ssh-keygen -i -f ppkfile > linuxstylekey