Solução encontrada:
Este arquivo: /etc/apache2/conf.d/zz010_psa_https.conf continha:
# ATTENTION!
# DO NOT MODIFY THIS FILE OR ANY PART OF IT. THIS CAN RESULT IN IMPROPER PLESK
# FUNCTIONING OR FAILURE, CAUSE DAMAGE AND LOSS OF DATA.
Include '/opt/psa/admin/conf/generated/13734840460.49232200_server.include'
O arquivo incluído era basicamente um segundo apache2.conf, sobrepondo todas as configurações do original.