Se você tem o Upstart, então é provável que o processo raiz no sistema (não tem que ser, mas geralmente é). Isso significa que ele inicia seu prompt, bem como todos os serviços.
O supervisor é bom em fazer a mesma coisa, além de gerenciar grupos de programas (iniciar / parar em grupo, etc.) e usar o RPC para permitir o gerenciamento remoto de programas.
Se você não está aproveitando os dois últimos recursos, não há benefício real. No entanto, se você usar o Supervisor, ele deve ser iniciado por algo. Você pode iniciá-lo a partir de rc.local, mas então ele se torna seu provável ponto de falha.