A base da sua lógica está errada. O Nginx só pode usar um local por solicitação, você não pode definir um local, configurar algo lá e depois reescrever o pedido. Quando você fizer isso, o Nginx desconsiderará tudo nesse local e usará apenas o local para o qual você reescreveu.
Você precisa ter sua diretiva track_uploads no mesmo local que o seu fastcgi_pass, caso contrário, o Nginx achará que você está tentando POST para um local estático.
Por favor, poste todo o seu bloco de servidor se precisar de mais ajuda.