Acho que você precisará ocultar esses dois sites.
Faça do ARR (site padrão) a única escuta na porta 80. Faça os outros 2 ouvindo apenas o loopback (127.0.0.1) na porta diferente (81 e 82, por exemplo). Em seguida, você pode criar uma regra no ARR para encaminhar para o app2 (criar 2 farm no ARR com um servidor em cada, por exemplo).