Parece que o chkrootkit não gosta da sua instalação do Node.js, pois possui um grande número de arquivos ocultos. A maioria deles parece normal para uma instalação do Node, no entanto. Os Python não parecem normais, mas isso pode ser apenas porque você está usando o Debian. Verifique naqueles.
Quanto ao problema do iptables, você está à mercê do seu provedor de VPS. Como o OpenVZ e o Linux-VServer usam um kernel compartilhado, você só pode usar o iptables se o provedor o carregar para você. Em particular, o Linux-VServer tem um suporte muito limitado ou nenhum suporte para o iptables em containers convidados.
Espero que até agora você tenha se afastado do VPS baseado em OpenVZ que você estava usando. Essa é certamente a causa raiz de todos os problemas que você tem tido.