Desculpas por discordar, mas não acho que Unison se comporte como você está descrevendo. De acordo com o manual do Unison em esta página ,
O Unison usa o rsync com a opção --inplace
como o utilitário de cópia padrão para que os dados atualizados sejam gravados diretamente em seu destino. Você pode tentar especificar esses padrões em seu perfil para ver se isso ajuda.
copyprog = rsync --inplace --compress
copyprogrest = rsync --partial --inplace --compress
copythreshold = 0
sortbysize = true