Apenas comparando as definições dos dois hosts virtuais https, vejo discrepâncias.
No seu Virtualhost .27, você tem
ServerName domain1.com:443
SSLProtocol all -SSLv2
SSLCipherSuite ALL:!ADH:!EXPORT:!SSLv2:RC4+RSA:+HIGH:+MEDIUM:+LOW
e no seu .41 Virtualhost, você tem
ServerName domain2.com
Admito prontamente que não entendo toda a configuração SSL, então talvez isso seja o pretendido. Mas você tem um funcionando corretamente (eu suponho que o host .27) e a outra configuração diferente.