Qualquer versão recente do Postgres terá um processo de autovacuum. Deixe o autovacuum fazer seu trabalho - Ele é muito bom em seu trabalho e será executado de maneira a não interferir no uso normal do banco de dados.
Se você fizer um grande número de alterações, talvez queira executar um VACUUM ANALYZE no banco de dados inteiro.
Se você fez muitas exclusões, pode optar por um VACUUM FULL ANALYZE para compactar as tabelas, mas observe que isso bloqueará as tabelas enquanto as compacta - Não execute em um sistema de produção de qualquer tamanho real sem uma janela de manutenção .
Você pode ler mais sobre o ajuste do autovacuum (e os horários em que você pode precisar / querer manualmente salvar o seu banco de dados) em a documentação do Postgres .