Não estou familiarizado com a implementação do Powershell no DPM, mas parece que se os cmdlets nativos do DPM não permitirem que você obtenha mais de 250 itens, terá que obtê-los um de cada vez. Tente algo assim:
gci D:\inetpub\wwwroot -Recurse -File -Filter index.* | % { New-SearchOption $_ }