Parece que não há uma maneira "suportada" para fazer isso.
Menciona a possibilidade de excluir o certificado da classe sms_pxecertificateinfo
WMI. No entanto, com o quão exigente o SCCM pode ser, às vezes, quem sabe se isso causará problemas mais tarde no futuro.
Eu certamente gostaria de saber se você encontrar uma resposta real para isso, como se eu fosse migrar para o modo nativo, ter vários certificados bloqueados e vencidos também me deixaria louco.