Você está despertando o servidor ou usando o servidor para ativar outros dispositivos?
Se você estiver tentando enviar quadros de ativação do servidor, talvez ele esteja enviando o NIC errado. Dependendo do utilitário que você está usando para enviar o pacote WoL, você deve ser capaz de especificar a sub-rede para onde deseja ir.
Como alternativa, você pode alterar a ordem de vinculação da NIC e colocar a interface para a qual deseja enviar os quadros de ativação na parte superior. Instruções aqui: link