Geralmente este erro acontece quando você digita incorretamente o comando apt, o que não parece ser o caso aqui (se eu acredito em você).
Você pode fazer o login como su e fazer a atualização do apt-get?
Sei que usar o sistema como Superusuário não é bom, mas pelo menos uma vez, você pode tentar.
P.S. Existe um proxy na sua rede?