Existem contas de serviço gerenciadas no Windows Server 2008 R2 e recursos ainda melhores no Windows Server 2012. Se puder, use-as. link
Existem também ferramentas comerciais que ajudarão você a gerenciar contas de serviço. Eles funcionarão com plataformas mais antigas nas quais as contas de serviço gerenciadas não são suportadas e também ajudarão a gerenciar contas de serviço em aplicativos herdados, COM +, arquivos de configuração e muito mais.
Outra coisa que essas ferramentas podem fazer é encontrar todas as contas de serviço na rede e todos os lugares em que estão sendo usadas. Basicamente muita automação.
A ferramenta que eu tenho experiência com é Thycotic Secret Server, mas existem outras ferramentas que fazem isso também.