Aqui estão algumas ideias ... elas não são específicas de nginx ou HAProxy, mas possivelmente você poderia usar as mesmas ideias.
Este artigo discute como eles estão usando Verniz para implementar a limitação de taxa por URL para um aplicativo. O aplicativo se comunica com o Varnish usando um cabeçalho HTTP personalizado, em vez de uma chamada de API, mas a ideia é semelhante.
Usando o Apache, você pode fazer algo semelhante usando um RewriteMap programático ... procure solicitações em um banco de dados e, para aquelas que são atualmente limitadas por taxa, reescreva-as em uma página de erro, caso contrário, passe-as sem modificações. Ativar / desativar a limitação de taxa para um URL específico seria uma alteração simples de uma linha no banco de dados.