Eu começaria fazendo dois VirtualHosts solidamente separados, que funcionam como esperado, e depois voltaria para uma variedade híbrida, a cada mudança.
Eu suspeito que seus 2 VirtualHosts resolvam algo assim:
<VirtualHost ipaddress:443>
Servername "hostname.fqdn"
DocumentRoot "/var/www/"
SSLEngine on
SSLCertificateFile /path/to/cert.crt
SSLCertificateKeyFile /path/to/cert.key
<Directory "/var/www">
Options Indexes FollowSymLinks
SSLRequireSSL
AllowOverride None
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
<Directory "/var/www/project1">
AuthType CENTRIFYDC
EnableBasicAuth false
EnableKerberosAuth false
EnableNtlmAuth true
Require group required_ad_group
</Directory>
</VirtualHost>
<VirtualHost ipaddress:443>
ServerName "project1.domain"
DocumentRoot "/var/www/project1"
SSLEngine on
SSLCertificateFile /path/to/cert.crt
SSLCertificateKeyFile /path/to/cert.key
<Directory "/var/www/project1">
AuthType CENTRIFYDC
EnableBasicAuth false
EnableKerberosAuth false
EnableNtlmAuth true
Require group required_ad_group
</Directory>
</VirtualHost>
Então eu testaria algo assim, e então os moveria para fora dos outros subdiretórios, e veria quais diretivas estão conflitantes