Eu não acho que você necessariamente precise garantir que os sites externos sejam renderizados com o IE, já que o Google Chrome Frame está "ativado" somente para websites que incluem a meta tag HTML específica:
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="chrome=1" />
O que significa que só será ativado para sites que foram desenvolvidos para funcionar com o Google Chrome Frame. Forçar esses sites a renderizar no IE só diminuirá o desempenho.