Você poderia postar o conteúdo de suas configurações do Apache localizadas em "sites habilitados"? Parece que você tem diferentes hosts configurados, um respondendo em uma base NameVirtualHost e outro servindo conteúdo padrão quando acessado através de IP. A entrada NameVirtualHost provavelmente perderá uma opção "ExecCGI", portanto o interpretador PHP nunca será executado. Se você estiver usando várias configurações de site, configure diferentes registros de acesso e de erros para cada site, o que facilitará a solução de problemas um pouco.