O 10gen recomenda enfaticamente o XFS se você souber como ajustá-lo, ou EXT4 caso contrário. Com isso dito, eu aconselharia testes realistas (incluindo carga, se você puder descobrir como) com dados que não são de produção.
Com isso dito, eu consideraria o uso do --nojournal
flag ao iniciar o MongoDB para evitar a excessiva movimentação de disco que seria causada pelo ZFS Journaling assistindo ao Journaling do MongoDB.