A única razão para isso que me vem à mente é a falta de privilégios.
Verifique se o seu root @ localhost tem privilégio de concessão. Você pode encontrá-lo observando SELECT * FROM mysql.user WHERE Host='localhost' and User='root'; e verificando a coluna Grant_priv . Eu acho que você deve ser capaz de consertá-lo definindo a coluna como 'Y' e fazendo FLUSH PRIVILEGES ou reiniciando o mysql.