Ok, aqui está o que eu fiz. Fiz o ajuste de registro que mostrava o PIDS na lista "instancia" do contador de desempenho. A partir daqui, escrevi um script em lote que enviou uma solicitação via TinyGet para o servidor da Web em questão (para garantir que o processo de trabalho do IIS fosse iniciado) ENTÃO executei o comando IISAPP e simplesmente procurei pelo PID do pool de aplicativos em que estava interessado. De lá, eu poderia usar o PID nos contadores de Perfmon pelo nome. Demorou um pouco, mas valeu a pena!