Eu parcialmente posso responder depois de um ou dois dias de leitura
1) A APC ainda está tão fragmentada quanto o link para a imagem acima. Vou tentar chegar a ele e se eu descobrir o que está causando a fragmentação, mas os maiores arquivos fragmentados são os plugins batcache e apc wordpress.
2) javascript não estava recebendo gzipped porque foi enviado como application / javascript e vi que eu tinha dois javascripts no meu cfre alreeady incluindo text / javascript (que eu sempre pensei que era javascript por padrão.
Então, agora tudo que sai do servidor está ficando gzimed. Então, depois de adicionar o aplicativo / javascript à linha que começa com 'gzip_types' no primeiro bloco de código da minha pergunta, o javascript começou a funcionar.
3) O index.php não estava sendo reescrito já que eu não tinha todas as regras de reescrita do nginx para o subdomínio multisite (existem 3 principais para obter links perma). No entanto, isso causou um problema adicional para a superfície para o qual vou abrir uma nova questão.
Estas são as três linhas de reescrita, e eu só tive a última
rewrite ^(/[^/]+)?(/wp-.*) $2 last;
rewrite ^(/[^/]+)?(/.*\.php) $2 last;
rewrite ^/(.*)$ /index.php?q=$1 last;