Se
chmod ("/somedir/somefile", 755); // php script code
não funciona, você ainda pode tentar
unlink($filename); // php script code
e
rmdir($dirname); // php script code
para removê-los. Se isso não funcionar, sua conta apache no servidor não tem os direitos necessários para fazer isso. Eu acho que isso deve funcionar normalmente porque sua conta do Apache criou esses arquivos.