Estou um pouco enferrujado no meu conhecimento do SMS 2003, mas pelo que me lembro, a exclusão de pacotes funcionou da mesma forma que no SMS 2007.
A exclusão de um pacote (e também qualquer um de seus anúncios associados) não afeta os clientes que já têm o software instalado. Assim como a remoção de um cliente de uma coleção não desinstala automaticamente o software anunciado para essa coleção (a menos que você esteja fazendo algo estranho com associações de consulta vinculadas a tarefas de desinstalação, e se você tiver feito isso você deve saber que você especificamente feito isso), portanto, excluir e anúncio e pacote não remove o software.
Um problema que a remoção de um pacote pode causar é que, se os reparos no software forem executados no cliente, eles não terão a instalação de origem para voltar ao ponto de distribuição e o reparo falhará, mas parece que já o caso para você como você está dizendo que você está faltando os arquivos de instalação do pacote.
Toda a documentação oficial do SMS 2003 deve estar disponível tanto na ajuda sensível ao contexto do console, quanto sob essa hierarquia no TechNet link infelizmente para uma versão tão antiga, é improvável que você ainda possa encontrar muito mais livros oficiais, materiais didáticos ou livros de terceiros disponíveis.