certutil
funciona no contexto do usuário a partir do qual é chamado.
Parece improvável que você consiga alcançar o que deseja sem uma conta em cada domínio, a menos que consiga representar uma maneira de representar os outros usuários - o que provavelmente exigiria a chamada para a API do Win32. Aqui está uma pergunta SO que pode ajudá-lo se você decidir seguir esse caminho.