A primeira consulta que você deve executar é SHOW ENGINES;
Se a Coluna de Suporte do InnoDB disser DISABLED, o mysqld.log deve informar o que a desativou.
MOSTRA TABELAS mais provavelmente atravessa apenas INFORMATION_SCHEMA.TABLES
Uma vez que você tenta averiguar informações sobre as tabelas InnoDB que requerem o acesso ao metadado do arquivo ibdata1, ele coaxa e não consegue encontrar nenhuma tabela InnoDB. Lembro-me de uma vez pedindo muito InnoDB Buffer Pool e não tive memória suficiente. Os binários do Percona são mais contundentes porque o mysqld simplesmente não inicia. Isso é muito melhor do que iniciar o MySQL em um estado incompleto.
Da próxima vez que o InnoDB parecer estar frenético, execute SHOW ENGINES imediatamente e verifique o log de erros!